コンタクトレンズを装用することによって，涙液がコンタクト下に十分に届かなかったり，新たな涙液との交換ができないことによって，角膜上皮が損傷され，低酸素状態になることがあります．このことによって，点状表層角膜症， 角膜上皮小嚢胞（急性低酸素状態で），角膜周辺部の脂肪混濁と上皮への血管侵入（慢性低酸素状態で）などが起こります．
また，細菌やケアー用品に対して過敏反応になり，辺縁角膜炎や巨大乳頭結膜炎が起こりこともあります．
角膜上皮の損傷と低酸素状態に加え，涙液による細菌や原虫が涙液によって十分に流し出すことができず，細菌や原虫が角膜に接着し，角膜に侵入して感染性角膜炎になる可能性があります．特に緑膿菌による角膜炎やアカントアメーバ角膜炎の多くはコンタクトレンズ装用者で，何れも，失明に至る可能性があります．
コンタクトレンズを装用する場合は，正しいコンタクトレンズのケアー，長期の装用時間を行わないこと，眼科での経過観察が重要です．